安纳托利亚牧羊犬风湿性关节炎早期症状为游走性跛行、关节周围软组织肿胀、精神抑郁、发热、厌食，犬跛行重而轻，反复发作。安纳托利亚牧羊犬风湿性关节炎中期，由于反复复发，关节软骨进一步被侵蚀，导致骨质疏松、软骨下透明、肿胀。类风湿关节炎晚期关节腔变窄，边缘糜烂，不完全脱位，完全脱位。
安纳托利亚牧羊犬风湿性关节炎的早期症状有行走跛行、关节周围软组织肿胀、抑郁、发热、厌食等。安纳托利亚牧羊犬风湿性关节炎中期，由于反复复发，关节软骨进一步被侵蚀，导致骨质疏松、软骨下透明、肿胀。类风湿关节炎晚期关节腔变窄，边缘糜烂，不完全脱位，完全脱位。
安纳托利亚牧羊犬坏死性胰腺炎主要表现为呕吐、腹泻，甚至出血，并伴有上腹痛、弓背姿势等。如果生化测试能发现脂肪酶和淀粉酶都比正常值高很多。如果是重症胰腺炎，可能会有黄疸的迹象，结膜和皮肤呈黄色染色，甚至可能出现肾脏损伤或衰竭，所以要及时治疗，不要延误。
安纳托利亚牧羊犬冠状病毒的病因可能是犬母在怀孕期间感染了冠状病毒，没有产生抗体，通过脐带血传播。或者小狗在哺乳期间被狗妈妈间接性传播。或者安纳托利亚牧羊犬生活在有冠状病毒的环境中。这也可能是安纳托利亚牧羊犬在外出玩耍时接触到带有冠状病毒的狗狗。主要原因是安纳托利亚牧羊犬抵抗力低的时候病毒入侵。
安纳托利亚牧羊犬狗瘟的眼部炎症主要通过抗病毒和大量输液来治疗。在犬瘟热的具体治疗中，要对症洗眼，使用抗菌眼药水，如康润、太曲等。继发性结膜炎常发生在犬瘟热病毒感染后，导致结膜潮红，眼睑肿胀，早期眼部分泌物增多但相对较薄，逐渐演变为化脓性分泌物，导致上下眼睑常粘连在一起。
安纳托利亚牧羊犬轻度脑炎的主要症状是意识障碍。生病安纳托利亚牧羊犬可以表现出兴奋或高度抑郁，甚至不认识主人。有些狗不停地吠叫，漫无目的地奔跑，与障碍物相撞。有的狗掉头就退，局部或全身痉挛性抽搐。抑郁的动物有耷拉着脑袋，半闭着眼睛，头顶障碍物一动不动，对外界反应迟钝，姿势不当，肌肉柔软无力，有的病犬倒地困倦。
安纳托利亚牧羊犬的慢性支气管炎是狗经常咳嗽和打喷嚏的症状。此外，还会伴随呼吸道粘液增多，导致安纳托利亚牧羊犬呼吸困难，加快犬的呼吸频率。建议犬在呼吸道痰液不能排出时，考虑雾化治疗。
患有胃炎症的安纳托利亚牧羊犬可能会出现抑郁、胃痛、胀气、厌恶触摸、食欲不振、呕吐、腹泻等症状。治疗需要禁食和禁水，但可以加入适当的盐水。要明确病因，以免再次刺激胃肠道，加重症状，导致脱水消瘦。
肛门囊肿发炎的安纳托利亚牧羊犬会经常摇动尾巴，用屁股搓地板，尝试咬肛门，排便困难，不要让它们碰屁股。安纳托利亚牧羊犬的肛门肿了，有一股难闻的气味。当炎症严重时，会流出黄色分泌物并混入脓液。建议先清洁肛门腺，然后注射消炎药。重症安纳托利亚牧羊犬需要全身抗感染治疗，恢复后每次洗澡都要清洗肛腺。
安纳托利亚牧羊犬的指间炎症的常见症状是脚趾或脚的其他部位之间长出一个小包。一开始，它和粉刺一样大，然后它变得越来越大。严重时会破裂，脓或血会流出。因为肿胀和疼痛，狗不敢在地上行走，它看起来像是跛行的。这种脓肿可能长在一个脚趾之间，也可能在几个脚趾之间发炎。皮肤颜色会变红，脚趾附近的头发也会变色。
